Το πιο σημαντικό μέρος της μουσικής ιστορίας της Ρωμαίικης αυτοκρατορίας είναι, χωρίς αμφιβολία, η εκκλησιαστική μουσική, η οποία αποτελεί έναν ολόκληρο μουσικό πολιτισμό, με δικές του μουσικές αρχές και χαρακτηριστικό ύφος, κορυφαίο σύστημα παρασημαντικής και ασύλληπτη ποικιλία μορφών με αμέτρητες δυνατότητες ερμηνείας από το μεγάλο μελωδικό πλούτος.
Η εκκλησιαστική μουσική εξελίχθηκε σε υψηλή τέχνη και πέτυχε την ακμή της κατά τον 13ο και τον 14ο αιώνα, όταν οι απλές μελωδίες επεξεργάστηκαν και εμπλουτίστηκαν, ανυψώθηκε το καλοφωνικό μέλος και η μουσική έλαβε περισσότερη βαρύτητα έναντι στο κείμενο. Κατά την περίοδο αυτή δρα η πιο γνωστή τετράδα εκκλησιαστικών μελοποιών και διδασκάλων: Ιωάννης Γλυκύς, Νικηφόρος Ηθικός, Ιωάννης Κουκουζέλης και Ξένος Κορώνης. Αυτοί οι μαΐστορες της εκκλησιαστικής μουσικής είναι η πηγή των συνθέσεων σε όλα τα είδη, για όλους τους αιώνες. Οι σύγχρονοι και οι διάδοχοί τους, περί τους εκατό μουσικούς, οι οποίοι άνθισαν από τα χρόνια τους μέχρι την Άλωση, στο έργο τους αριθμούν χιλιάδες μέλη που έθεσαν το δρόμο και την εξέλιξη της εκκλησιαστικής μουσικής. Μεταξύ τους είναι και ο λαμπαδάριος του «ευαγούς βασιλικού κλήρου» Ιωάννης Κλαδάς.
Γύρω από τα χρόνια της Αλώσεως, η ψαλτική τυγχάνει μεγάλη δημιουργικότητα. Στην ακμή αυτή συνείσφεραν μερικοί παράγοντες: στα χρόνια εκείνα ζουν μεγάλοι συνθέτες και διδάσκαλοι, εξελίσσονται όλα τα μουσικά γένη, ιδιαίτερα το παπαδικό γένος, σταθεροποιείται το ρεπερτόριο των μουσικών βιβλίων, τα οποία αυξάνονται ώστε να καλύψουν τις ανάγκες, το μοναστικό τυπικό καθιερώνεται σε όλο τον κόσμο και στερεώνεται η τάξη των ακολουθιών.
Η πιο σημαντική προσωπικότητα αυτής της εποχής είναι ο λαμπαδάριος του ευαγούς βασιλικού κλήρου Μανουήλ Δούκας Χρυσάφης, ο οποίος καταγόταν από την Σηλυβρία της Ανατολικής Θράκης και δημιούργησε μεγάλο έργο. Ο Χρυσάφης ήταν φίλος του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου Παλαιολόγου και ψάλτης στο βασιλικό ανάκτορο στα χρόνια της Αλώσεως. Στην μνήμη αυτού του καταστροφικού γεγονότος, αυτός έγραψε ψαλμό μοιρολόι (με το κείμενο του Ψαλ. 78), στο οποίο κανείς μπορεί να ακούσει και να αισθανθεί δυνατά και φανερά τον μεγάλο πόνο κάθε Χριστιανού, εκείνη την ημέρα όταν χάθηκε κάθε ελπίδα, την ημέρα όταν «έκλεισε το μάτι της οικουμένης».
Παραθέτουμε αυτό το μέλος του Μανουήλ Χρυσάφη, στον ήχο πλάγιο του τετάρτου, σε μια ερμηνεία του Μέγα Πρωτοπρεσβύτερου Γεωργίου Τσέτση και σε μία ερμηνεία της χορωδίας Capella Romana:
Το κείμενο έχει ως εξής:
Ὁ Θεός, ἤλθοσαν ἔθνη εἰς τὴν κληρονομίαν σου, ἐμίαναν τὸν ναὸν τὸν ἅγιόν σου, ἔθεντο ῾Ιερουσαλὴμ ὡς ὀπωροφυλάκιον, ἔθεντο τὰ θνησιμαῖα τῶν δούλων σου βρώματα τοῖς πετεινοῖς τοῦ οὐρανοῦ, τὰς σάρκας τῶν ὁσίων σου τοῖς θηρίοις τῆς γῆς· ἐξέχεαν τὸ αἷμα αὐτῶν ὡσεὶ ὕδωρ κύκλῳ ῾Ιερουσαλήμ, καὶ οὐκ ἦν ὁ θάπτων, ἐγενήθημεν ὄνειδος τοῖς γείτοσιν ἡμῶν, μυκτηρισμὸς καὶ χλευασμὸς τοῖς κύκλῳ ἡμῶν. Ἕως πότε, Κύριε, ὀργισθήσῃ εἰς τέλος, ἐκκαυθήσεται ὡς πῦρ ὁ ζῆλός σου; Ἔκχεον τὴν ὀργήν σου ἐπὶ τὰ ἔθνη τὰ μὴ γινώσκοντά σε καὶ ἐπὶ βασιλείας, αἳ τὸ ὄνομά σου οὐκ ἐπεκαλέσαντο, μὴ μνήσθης ἡμῖν ἀνομιῶν ἀρχαίων, ἀλλὰ βοήθησον ἡμῖν ταχὺ καὶ ἐλέησον ἡμᾶς.
Την ίδια περίοδο στην Κωνσταντινούπολη δρα και ένας άλλος σημαντικός μουσικός, συνθέτης, κωδικογράφος και θεωρητικός, ο ιερομόναχος Γρηγόριος Μπούνης Αλυάτης, ο οποίος στα χρόνια εκείνα ήταν πρωτοψάλτης της Αγίας Σοφίας. Τα έργα αυτών των συνθέτων έμειναν στην χρήση κατά την διάρκεια περισσοτέρων των δύο αιώνων, θέτοντας την σφραγίδα τους στην εξέλιξη της ψαλτικής τέχνης, σαν ζύμη για όλες τις μεταβυζαντινές συνθέσεις.
Ο χρονογράφος Δωρόθεος Μονεμβασίας κατέγραψε ένα ενδιαφέρον γεγονός το οποίο συνέβη στον ιερομόναχο Γρηγόριο Μπούνη Αλυάτη:
Έμαθε ο Σουλτάνος Μεχμέτ ότι οι Ρωμαίοι γράφουν τις φωνές των ψαλτών και των τραγουδιστών και τους κάλεσε στο παλάτι, όπου είχε έναν Πέρση, εκλεκτό μουσικό, και όρισε και ο Πέρσης τραγούδησε, ενώ ο κυρ Γεώργιος (το κοσμικό όνομα του Γρηγορίου) και ο κυρ Γεράσιμος, οι ψάλτες, έγραφαν τις φωνές του Πέρση. Σχεδίασαν λοιπόν το τραγούδι του Πέρση και ο Σουλτάνος όρισε να το τραγουδήσουν και αυτοί το τραγούδησαν καλύτερα από τον Πέρση. Αυτό του άρεσε πολύ και θαύμαζε την λεπτότητα των Ρωμαίων και γενναιόδωρα βράβευσε τους ψάλτες, ενώ ο Πέρσης, όταν είδε τι είδους καλλιτέχνες είναι αυτοί, έπεσε και τους προσκύνησε.
Δυστυχώς, μετά την Άλωση της Πόλεως και την διάλυση του Ρωμαίικου κράτους, η αρχή της Τουρκοκρατίας έθιξε όλες τις πνευματικές σφαίρες, μεταξύ των οποίων και την μουσική. Μαζί με την δόξα της αυτοκρατορίας έπαυσε και το μεγάλο πλούτος της εκφράσεως όλων των τεχνών, έπαυσε και ο περίφημος τρόπος ερμηνείας από τους μεγάλους ψαλτικούς χορούς. Αλλά, παρά των πολλών πιέσεων του κατακτητή, η εκκλησιαστική μουσική χάρισε πολλά στον οθωμανικό πολιτισμό και έπραξε μεγάλη επίδραση στην τουρκική κοσμική και θρησκευτική μουσική. Πάντως, η εκκλησιαστική μουσική βιώνει στην Ορθόδοξη Εκκλησία και συνεχίζει την δυναμική παράδοσή της ως υψηλότατη τέχνη, γεννώντας πολλούς άλλους νέους συνθέτες και καλούς ψάλτες, οι οποίοι συνεχίζουν την παράδοση αυτή.