Во светите икони на Спасителот Христос, на Божјата Мајка и на сите Светии, Црквата Христова доби најубав украс, и со нив таа постојано се просветлува и се исполнува со благодат. Човекољубивиот Бог благоволил во иконописните изобразби ние, всушност, да ги гледаме благодатните и просветени ликови на Светиите, а во нив, во тие ликови – јавениот образ Божји и Самиот Бог. Пред тој приказ стивнува жарот на страста и суетата на овој свет, тој се осознава како нешто над светот, кој од својата небесна област дејствува овде, среде нас. Човек просто не им верува на сопствените очи, кога тие сведочат за таа победничка, неодолива убавина што се излева од светите икони.

Божјата семилостива промисла, која сè устројува и уредува за наше спасение, се погрижила и Бигорската Света Обител да биде удостоена со велелепна и чудотворна икона на великиот и славен Пророк, Претеча и Крстител Господов – Јован, со којашто, впрочем, и започнува историјата на Манастирот.

Светото предание ни пренесува дека во времето кога со големото Ромејско царство управувал Василиј II (976 – 1025), а на овие простори, пак, царувал Самуил (976 – 1014), во прекрасните и мистични падини на Бистра, благословени од невидливиот допир на Божјата рака, се подвизувал некој многудобродетелен монах, по име Јован, кој потекнувал од дебарскиот крај. Овој преподобен отец бил исполнет со секаква добродетел, разумен и мудар, се грижел за чистотата и смирението на срцето, имајќи ги постојано на ум Господовите зборови: „Блажени се чистите по срце, оти тие ќе Го видат Бога“ (Матеј 5, 8). Особено голема љубов подвижникот Јован негувал кон „најголемиот меѓу родените од жена“ – свети Јован Крстител.

Еднаш, во шумата, кај изворот што бил во близина на неговата испосница, Јован здогледал некаква силна и чудесна светлина меѓу дрвјата, што како огнен столб се издигнувала кон небото. Кога се приближил, видел како над источникот, oзарена со необичен блесок, лебди икона со ликот на чесниот Претеча. Восхитен, но и обземен од страв, Јован паднал на колена и Му воздал благодарност на Бога и на Неговиот Крстител. Потоа, земајќи ја иконата со голема побожност и страв Божји, веднаш се погрижил да ѝ изгради привремен соодветен дом. Така, христољубивиот Јован направил мал параклис, во којшто ја сместил иконата и секој ден со скрушено срце му се молел и му благодарел на Крстителот Господов за дарот со којшто го имаше благословено. Се верува дека оваа света икона дошла на овие простори од Исток, од каде што најверојатно и потекнува. 

Зашто поради агарјанското нашествие и опустошувањето на манастирите, црквите и светињите на христијанскиот Исток, многу икони почнале да се преселуваат на побезбедни места, било носени од ангели Божји или, пак, од луѓе. Така и оваа света икона на Претечата Христов на чудесен начин се нашла на ова место.

Подоцна, милостивиот Бог, Кој ги прославува оние што Него Го прославуваат на земјата, посакал да го постави преподобниот монах Јован за пастир на Неговите словесни овци. Имено, ромејскиот цар Василиј ΙΙ, дознавајќи за исклучително добродетелниот живот на смирениот подвижник, во 1018 година го назначил за Архиепископ на славната Охридска Архиепископија, за премудро да управува со стадото Христово. Пустинољубивиот Јован се покорил на Божјата волја и го примил високиот чин, но никако не го заборавил своето тивко и возљубено место на покајание. Исполнет со голема љубов и благодарност кон Претечата Христов, таму тој во 1020 година подигнал храм во негова чест, каде што ја положил светата и чудотворна икона. Мноштво иноци притекнувале да се напојат од покајничката благодат на Крстителот и набрзо околу тој храм се собрало големо монашко братство. Така, блажениот отец наш Јован Дебарски станува првиот ктитор на Светата Бигорска Обител.

Низ вековите на опстојувањето на Обителта, светоотечкиот монашки дух, што од самото нејзино создавање ги облагодатило овие простори, раѓал многу духовни водачи, преподобни старци и непознати Светии, чии подвизи ги уподобиле на нашиот Спасител. Затоа, сета историја на Манастирот, неговиот живот, црнорисците, фреските и иконите, сè што во него било и е создадено, сè што е негово минато и сегашност, шепоти за еден непрекинат стремеж кон Бога. Тој вечен стремеж кон Бога, таа незгаслива љубов Божја, направиле ова место просто да зрачи од благодат, и секој што ќе стапнел на овие осветени камени дворишта, не можел, а да не го почувствува присуството Божјо. Токму затоа, уште од дамнина Манастирот непрестајно ги привлекувал мирјаните, станувајќи најсакан Божји дом за сите православни верници од овој крај, па дури и за иноверците.

За време на своето постоење Mанастирот преживеал не малку беди. Најмногу пострадал за време на турското ропство, кога неколкупати бил рушен и пален. Oсобено големо запустение претрпел во времето на злогласниот османлиски султан Селим I (1512-1520), кога бил до темел разрушен. Но, Свети Јован Крстител не дозволил неговата света икона да биде уништена. Така, на двапати кога манастирот претрпувал пустош, иконата на чудесен начин исчезнувала и се селела на друго место за да не падне во рацете на безбожниците, а кога опасноста поминувала, таа повторно се враќала. Првиот пат иконата се преселила во еден манастир помеѓу Струга и Дебар, каде и денес постои црковен храм што се вика „Св. Јован Претеча – Бигорски“. Вториот пат, чесниот образ на Претечата си нашол привремен дом во с. Слатино, Дебарца. И таму, исто така, има храм што го носи името „Св. Јован Крстител – Бигорски“. Големата возобнова на Бигорската обител започнала во времето на игуменот Иларион (1743 – 1781/2), кога доаѓа и до процут на монашкиот живот.

Местоположбата на Манастирот била таква, што тој се наоѓал во најразбојничкиот крај на Западна Македонија. Во тоа време над него демнеле многубројни опасности и само благодарение на чудата на Свети Јован, тој опстанал.

Во 1814 година се случило големо чудо: против Светата Обител се кренал некој силник, којшто имал намера да го разруши Манастирот и да го претвори во теќе. Тоа бил дебарскиот Јусуф-бег. Но на 8 септември Јусуф-бег бил ранет и на 21, истиот месец, умрел. Кога го погребувале, од небото паднал силен град и страшни грмотевици, што погубиле 20 души од луѓето на Јусуф-бег. Исплашени, преостанатите агарјани се разбегале. Така, со застапништвото на Свети Јован Крстител, Манастирот бил спасен од погибел.

Кон средината на XIX век, Свети Јован му помогнал и на некој турски бег од Албанија, којшто имал болно дете. На бегот на сон му се јавил Свети Јован и го повикал да дојде во Манастирот и да го измие своето дете со чудотворната вода. Бегот го послушал и заедно со детето отишле во Манастирот и направиле како што им било советувано. И ете чудо! Детето било потполно исцелено! На иконата во Манастирот бегот го препознал својот добротвор, Свети Јован Крстител, и од голема благодарност му поклонил на неговото светилиште маслинови полиња кај Елбасан. Долго време Манастирот се снабдувал со масло од овие имоти. Во 30-те години на ΧΧ век, свештеникот Атанасиј (поп Ташко) од село Битуше, којшто во тоа време бил настојател на Бигорскиот Манастир, ги продал овие полиња.

Друг пат, пак, албански разбојници го ограбиле манастирскиот караван со маски што носеле храна за Манастирот. По тоа злодело, водачот на разбојниците тешко се разболел. Уплашен од казната за овој грев и сметајќи ја болеста како Божја опомена, тој го ослободил караванот и луѓето, а згора на тоа подарил и големо количество масло за Манастирот. Оттогаш никој повеќе не се осмелил да напаѓа или пакости, било на луѓето од Манастирот, било на неговите имоти. Манастирот уживал голема почит и кај друговерците, бидејќи манастирските врати деноноќно биле отворени за сите што доаѓале, без разлика на верата и народноста. Сите наоѓале потслон и утеха во домот на Претечата.

Но, безбожничкиот период на комунизмот донел заборав и пустош. По неколку десетлетија, без благодатта на богослужбите и на монашкиот живот, светилиштето било препуштено на страшната околност на тивко и постепено распаѓање, сведено на функција на обичен музеј на мртви предмети. Требало да поминат години, додека да се создадат услови за неговото воскресение.

Така, најпосле, по Божја волја и со благослов од монахољубивиот Митрополит Дебарско-кичевски, г-дин Тимотеј, надлежниот архиереј на Дебарско-кичевската епархија, монашкиот живот во Бигорскиот Манастир се возобнови во месецот јули 1995 лето Господово, кога отец Партениј, по своето враќање од Света Гора, беше поставен за старешина на новата Бигорска монашка Обител.

Новиот игумен, Архимандрит Партениј, го затекна Манастирот духовно замрен, пуст и оставен на забот на времето и уште од самиот почеток се соочи со многубројни тешкотии, при повторното духовно заживување на ова светилиште.

Но, свесен дека за монахот вистинската Божествена љубов се наоѓа во болката за спасението на својата душа и во болката за спасението на целиот свет, тој се определи да им служи на другите, и покрај големите искушенија. Знаејќи дека духовната обнова на секој Манастир започнува, пред сè, со обновата на литургискиот живот, игуменот Партениј го воведе редовниот деноноќен, седмичен и годишен богослужбен круг, според типикот на светата православна Црква, којшто вклучува: вечерна, повечерие, полуноќница, утрена, часови, Божествена Литургија и останатите богослуженија. Секако, посебен и најдрагоцен Божји дар и благослов за нашата Свештена Обител е обновата на православното старчество, коешто е венец на духовниот подвиг. Духовното раководство на старецот, преку светите тајни исповед, покајание и причест, е срце на духовниот живот, од коешто исходи божествената воскресенска благодат, што ги преобразува душите на луѓето. Сето тоа привлече голем број верници, кои, заедно со возобновеното општежително монаштво, станаа дел од духовната преродба што ја зафати и целата наша Татковина. Така, манастирот и денес, како грижлива и чедољубива мајка, повторно ги повикува сите свои чеда и, подобно на коработ на праотецот Ное, ги отвора своите врати за да ги спаси верните од духовниот потоп. Секој што доаѓа овде е повикан да стане сопричесник на оваа духовна средина, каде што царува главата – Христос и каде што слегуваат Неговите прославени членови – Светиите, за да заедничарат со верните во Божественото богослужение.